Фамилия Наумникова — женская форма фамилии Наумников, и её происхождение стоит искать не в очевидном имени Наум, а в менее распространённой словообразовательной модели. Большинство фамилий на -ов/-ев образованы от отчеств или прозвищ, оканчивающихся на согласный, но здесь мы видим суффикс -ник-, который указывает на род занятий или характерный признак человека. Основа «Наумник» — это не просто сын Наума, а человек, связанный с именем Наум: либо тот, кто носил это имя, либо, что вероятнее, прозвище по отцу или по профессии.

Вероятнее всего, Наумников — это патроним вторичного образования. Сначала от имени Наум (древнееврейское «утешитель») появилось прозвище Наумник, которое могло означать «человек, находящийся в услужении у Наума» или «сын Наума» в диалектной форме. Суффикс -ник в русских фамилиях встречается реже, чем -ов, но он характерен для северных и центральных регионов России, особенно для бывших новгородских земель. Там прозвища на -ник часто обозначали принадлежность к общине или ремеслу: плотник, бортник, а в случае с личным именем — «Наумников» буквально «из рода Наумовых» или «принадлежащий Науму».

Альтернативная версия, хотя и менее убедительная, связывает фамилию с топонимом. В некоторых говорах «наумник» могло быть прозвищем человека из деревни Наумово или Наумники, но такие названия редки и обычно сами образованы от имени. Более правдоподобно, что фамилия возникла в среде крестьян или посадских людей, где отчество часто переходило в прозвище с суффиксом -ник, а затем закреплялось в фамилии.

Интересная деталь: фамилия Наумникова не упоминается в классических ономастических словарях как широко распространённая, что говорит о её локальном бытовании. Носители фамилии, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл, где прозвище Наумник стало родовым. По данным современных статистик, фамилия встречается в основном в Центральной России и Поволжье, что подтверждает её «срединное» происхождение — не столичное, но и не окраинное.