Фамилия Найбауров — редкий случай, когда русская фамилия образована от немецкой фамилии. В основе лежит немецкая фамилия Найбауэр (Neubauer), что в переводе означает «новый крестьянин» или «новый поселенец» (neu — новый, Bauer — крестьянин, земледелец). В немецкой среде так называли человека, который недавно получил земельный надел, переселился в новую деревню или арендовал участок.

Русский суффикс -ов превратил немецкую фамилию в русскую: Найбаур + ов. Такая модель типична для обрусевших иностранных фамилий в XVIII–XIX веках. В немецком языке фамилия звучала как Нойбауэр, но в русском произношении и написании «ой» перешло в «ай» (сравните: немецкое «Leibniz» — русское «Лейбниц», но в народной речи часто «Лайбниц»). Вариант «Найбаур» — это упрощённая запись без окончания -ер, что тоже встречалось в документах.

Носители фамилии Найбауров — потомки немецких колонистов, приглашённых в Россию при Екатерине II. Массовое переселение немцев шло в Поволжье, на юг Украины, в Причерноморье. Там немецкие крестьяне основывали колонии, и фамилия Найбауэр была одной из распространённых. При переходе на русское делопроизводство и записи в метрических книгах фамилию русифицировали, добавив типичное русское окончание.

Встречается фамилия и в тюркской среде, например у башкир или татар, но это уже вторичное заимствование: русская фамилия перешла к соседним народам через смешанные браки или административный учёт. Первично же Найбауров — стопроцентно немецкая по корню фамилия, которая в России потеряла исходное значение «новый крестьянин» и стала просто родовым именем.