Фамилия Найкелите почти наверняка литовского происхождения. Её основа — литовское слово «naikėlis» (уменьшительное от «naikė»), которое переводится как «истребитель», «разрушитель» или «уничтожитель». Вряд ли это прямое указание на характер предка — скорее всего, прозвище закрепилось за человеком, который занимался вырубкой леса, корчеванием пней или расчисткой земли под пашню. В литовской ономастике такие прозвища не редкость: земледелец, осваивающий новый участок, буквально «уничтожал» лес.

Суффикс «-ите» (в оригинале -ytė) — типичный литовский показатель женской фамилии, особенно распространённый на Жемайтии и в северной Литве. Он образует фамилии незамужних женщин (дочерей) или жён, часто от мужской формы. Мужской вариант фамилии, от которого образована Найкелите, выглядел бы как Найкелис (Naikelis). Такая модель образования, когда женская фамилия заканчивается на «-ите», а мужская на «-ис», характерна для литовского языка и почти не встречается у славянских фамилий.

Встретить фамилию Найкелите можно преимущественно в Литве, а также среди литовских диаспор в Латвии, Польше и, после миграций XX века, в США и Западной Европе. В России она крайне редка и, скорее всего, принадлежит потомкам литовцев, переселившихся в XIX–XX веках. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться с искажениями: Найкелитте, Найкелите или даже через «я» — Найкелите. В советских паспортах окончание часто русифицировали, превращая в Найкелит.

Фамилия не относится к числу древних аристократических. Она возникла среди крестьян и мелких землевладельцев, для которых прозвище «истребитель» было скорее трудовой характеристикой, чем оскорблением. В современной Литве фамилия остаётся редкой, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы встретили носителя, велика вероятность, что его предки происходят из одного конкретного хутора или деревни.