Фамилия Наймаер, вероятно, образована от немецкого прозвища Nammer, которое переводится как «тип, чудак, проказник». Не исключено, что фамилия была образована и соединением двух немецких слов neu – «молодой, неопытный» и maurer - «каменщик; штукатур, архитектор, строитель, зодчий». В этом случае фамилия была связана с родом занятий предка. Наконец, в основу фамилии могло лечь и эстонское слово naima – «жениться».