Фамилия Ндченко встречается редко, и её написание сразу бросается в глаза: отсутствие гласной после первой буквы «Н» — нетипичная для русского языка конструкция. Это ключ к разгадке. Скорее всего, мы имеем дело с искажением исходной формы. Наиболее вероятная версия — фамилия Ндченко образована от имени или прозвища Инд, Индя. В славянской ономастике известна уменьшительная форма Индя (от Иннокентий, реже — от Иван через вариант Иня). От неё через суффикс -енко (украинский патронимический суффикс, означающий «сын», «потомок») закономерно возникла бы фамилия Индченко. В разговорной речи, особенно при быстром произнесении или в документах с ошибкой писаря, начальная «И» могла отпасть, и фамилия превратилась в Ндченко. То есть предок носителя был сыном человека по имени Индя.

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным словом «ндя» (няня, нянька), которое могло стать прозвищем заботливого человека. Но и в этом случае форма «Ндченко» — результат редукции от «Ндяченко» (от Ндя). Учитывая, что суффикс -енко типичен для украинской фамильной модели, регион происхождения фамилии — южнорусские или украинские земли, где «иканье» (произношение «и» на месте «е» и «я») было распространено. География бытования фамилии сегодня — преимущественно Украина и юг России, что подтверждает эту привязку.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает прояснить картину. Существуют фамилии Индюков, Индин, Индюченко — все они восходят к основе «индюк» (индейка), но здесь связь слабее: прозвище Индюк могло быть дано за внешность или повадки, однако форма Ндченко от него маловероятна. Гораздо ближе вариант Индченко, который действительно встречается в документах XIX века. Таким образом, Ндченко, скорее всего, — это стяжённый вариант, закрепившийся в письменной традиции из-за ошибки или местного говора.

Социальный контекст: носители фамилии Ндченко, как и большинство обладателей фамилий на -енко, происходили из крестьянской или казачьей среды. Никаких сведений о дворянском происхождении нет. Фамилия не несёт указания на конкретное ремесло — только на имя или прозвище предка.