Основой фамилии Недушенко послужило мирское имя Недух. Нецерковное имя Недух образовано от существительного «дух» с помощью отрицательной приставки «не-». Оно, как и все имена на «не-» (Некрас, Ненаш, Немил и т.п.), выполняло так называемую «охранительную» функцию и использовалось в качестве оберега. Под духом обычно понимают бесплотное сверхъестественное существо, оказывающее, по народным представлениям, влияние на жизнь человека и природы. Согласно представлениям древних славян, духи наполняют весь мир, влияя на его бытие. Существуют духи дома, природы, духи предков, умерших, духи-покровители, помощники. В широком смысле духи — это не только ангелы, но и лешие, водяные, домовые. Они именуются и нечистыми духами, и просто нечистыми. Слово «дух» употребляется и в значении «моральная сила, готовность к действию». Существовало выражение: «человек с духом» - «стойкий, смелый, храбрый». Возможно также, что нецерковное имя Недух имеет западнославянское происхождение и связано с чешским словом neduh, которое в переводе на русский язык означает «болезнь, недуг». Согласно обычаю, существовавшему у славян, подобные мирские имена присваивались детям с целью отвращения злых сил. В данном случае, надеясь иметь доброго, отважного, красивого и здорового мальчика, родители назвали его Недухом. Однако не исключено, что в основе фамилии лежит имя Недуш – форма церковного имени Неадий, которое давалось детям в честь праведного Неадия Чудотворца. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Недух, со временем получил фамилию Недушенко. При образовании фамилии произошло чередование х/ш.