Фамилия Нефас — редкий случай искусственного именования в русской ономастике. Её основа — латинское слово nefas, которое переводится как «несправедливость, беззаконие, нечестие, злодеяние, грех». В отличие от большинства русских фамилий, образованных от имён, прозвищ или ремёсел, эта возникла не в крестьянской или купеческой среде, а в стенах духовных училищ.

Такие именования давали семинаристам. Смысл прозвища напрямую связан с поведением: его мог получить ученик за плохие поступки, нарушение устава или прегрешения против веры. В семинарской среде латынь была языком обучения, поэтому необычное слово легко закреплялось за провинившимся и переходило в фамилию. Подобные случаи описаны в исследованиях по истории русских фамилий, в частности у Б. Унбегауна, который отмечал искусственные фамилии духовенства как отдельное явление.

Вероятно, прозвище Нефас давали не только школярам. В более широком смысле оно могло закрепиться за человеком, который преступал закон Божий или совершал проступки, за что получал осуждение окружающих. Известно, что подобные именования нередко присваивали преступникам, но в случае с этой фамилией семинарская версия выглядит правдоподобнее: латинский корень указывает на образованную среду, где такое слово было естественным.

Модель образования проста: прозвище Нефас без изменений стало фамилией, без суффиксов -ов или -ин. Это типично для поздних искусственных фамилий, которые не проходили долгий путь бытования в народе, а фиксировались сразу в документах. Поэтому у фамилии нет региональной привязки — она встречается там, куда выпускники семинарий разъезжались служить.

Носителей фамилии мало, и это ожидаемо: искусственные именования не давали массового потомства. Если искать аналогии, можно вспомнить фамилии вроде Бенедиктов или Адоратский, тоже рождённые в духовной школе, но Нефас выделяется даже на их фоне — своим мрачным значением, которое вряд ли было комплиментом своему первому обладателю.