Фамилия Неферовский звучит как типичная фамилия польского или западнорусского дворянства, но её корень неожиданно прост и связан с повседневностью. В основе лежит слово «нефер» — так в южных и западных говорах называли негодный, плохой товар, брак, а также нерадивого или никчёмного человека. Прозвище Нефер могли дать тому, кто постоянно портил работу, или же ленивому, никудышному работнику. Модель образования фамилии — типично польская: суффикс -овский указывает на принадлежность к месту или роду, то есть Неферовский — буквально «сын или потомок Нефера».

Сам суффикс -овский в русской среде чаще всего свидетельствует о шляхетском происхождении: такие фамилии массово появлялись после разделов Речи Посполитой, когда бывшую польскую шляхту записывали в российские дворянские книги. Однако в случае с Неферовским есть нюанс: прозвище с отрицательной окраской редко становилось основой для родового имени у знати. Вероятнее, что фамилия возникла в среде крестьян или мещан, а затем была оформлена по дворянскому образцу либо при переписи, либо при переходе в другое сословие.

Слово «нефер» сохранилось в украинском и белорусском языках (звучит как «не́фер» или «не́фір»), что указывает на ареал происхождения фамилии — скорее всего, современная центральная Украина, Полесье или юго-запад России. Встречается также вариант Нефировский, где корень «нефир» — тот же брак, негодная вещь. Редкость фамилии в том, что она образована от просторечного, почти бранного слова, но приобрела внешне благородную огласовку: Неферовский звучит почти как Потоцкий или Замойский, хотя означало предка-неудачника.

Другие версии, связывающие фамилию с греческим «нефер» (облако) или с библейским именем Нефер (встречается в единичных источниках), не выдерживают критики: ни в православных святцах, ни в крестильных именах такого нет. Фамилия — чистый пример того, как прозвище по качеству человека или его работы закрепилось в роду, а суффикс придал ей солидность, не менявшую сути.