Фамилия Нефертити — случай, когда загадка кроется не в суффиксе, а в основе. Сразу скажем: это не исконно русская фамилия, и её носители в России — явление редкое. В русской ономастике фамилии, образованные от древнеегипетских имён, не встречаются вплоть до XX века, когда интерес к истории Древнего Востока стал массовым.

Основой фамилии послужило имя знаменитой царицы XVIII династии, жившей в XIV веке до н. э. Само имя Нефертити переводится с древнеегипетского как «Красавица пришла» или «Прекрасная пришла». Это не прозвище и не родовое имя, а полное теофорное имя, которое давалось при рождении и содержало обращение к богине или благопожелание. Никакого отношения к русским ремёслам, географическим названиям или крестьянским прозвищам эта фамилия не имеет.

Как же она могла появиться у русскоязычного человека? Вероятнее всего, фамилия Нефертити — искусственная, то есть присвоенная в советское время. В 1920–1930-е годы, когда в моду вошли имена вождей, революционные аббревиатуры и экзотические заимствования, некоторые родители могли назвать дочь Нефертити. От такого имени, по модели «Нефертити → Нефертитина» или без изменений, и образовалась фамилия. Суффикс -ин (Нефертитин) был бы естествен для русского языка, но вариант без суффикса, Нефертити, закрепился как неизменяемый — это типично для поздних заимствованных фамилий.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком: в ней нет ни привычного -ов/-ев, ни -ский. Она относится к разряду несклоняемых фамилий на гласный, которые в русском языке ведут себя как инородные вкрапления. Встретить её можно крайне редко, преимущественно в городской среде. Никакой географической привязки или сословной истории у неё нет — это чисто культурный феномен, отражение увлечения древностью в определённый исторический период.