Фамилия Нефляшева — редкая и территориально привязанная. Её основа — тюркское или адыгское мужское имя, которое в русской среде приобрело непривычный для славянского уха звуковой облик. Словообразовательная модель здесь нестандартная: суффикс -ев присоединён к основе, оканчивающейся на -аш, что редкость для русских фамилий. Это указывает на то, что фамилия не «обрусела» до конца, а сохранила черты языка-источника.

Корень, скорее всего, восходит к тюркскому «нефляш» или «непляш» — искажённому варианту имени Неби (Небий) с аффиксом принадлежности. В тюркских языках «неби» означает «пророк», а суффикс -ляш/-лаш может передавать уменьшительность или принадлежность к роду. Таким образом, Нефляшев — потомок человека, которого называли «маленьким пророком» или «сыном пророка». Однако с учётом географии фамилии (она встречается в основном у черкесов и адыгов, живущих в Карачаево-Черкесии и Адыгее) более вероятна адыгская версия: основа «неф» или «нэф» переводится как «свет», а «ляш» — суффикс, образующий прилагательное. Тогда Нефляшев — «светлый», «сияющий», что могло быть прозвищем по внешности или характеру.

Фамилия встречается в двух написаниях: Нефляшев и Нефляшева (женская форма). В документах XIX века, в ревизских сказках и метрических книгах Закубанья, фигурируют носители этой фамилии среди горских народов, переходивших в казачество. Это даёт основание предполагать, что предки современных Нефляшевых были адыгскими (черкесскими) узденями или крестьянами, которые после Кавказской войны вошли в состав кубанских станиц. Социальный статус был невысоким — в основном рядовые общинники, но фамилия сохранила память о родовом прозвище, данном по светлому цвету волос или кожи.

С точки зрения ономастики, фамилия интересна тем, что в ней не работает стандартная русская модель «имя + -ов». Здесь основа не имя, а прозвище, причём адыгское, что делает её уникальной для списка русских фамилий. Если искать аналоги, то это редкие гибриды вроде Шхалахов, Хакушев — тоже с кавказскими корнями и русским суффиксом. Никакого отношения к «нефти» или «фляшке» фамилия не имеет, это случайное созвучие.