Фамилия Негинэ — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор сразу упирается в необычную форму. В русских фамилиях почти не встречается окончание -э. Это сразу подсказывает, что перед нами не исконно русская модель, а заимствованная или искусственно переоформленная фамилия. Скорее всего, она представляет собой русифицированную запись фамилии из языков Кавказа или тюркской группы, где окончание -э или -е не редкость.

Если отбросить нерусское окончание, основа Негин- становится прозрачнее. Она может восходить к тюркскому личному имени Негин (или Нэгин), которое в свою очередь связано с персидским словом «негин» — драгоценный камень, жемчужина. В таком случае фамилия Негинэ — это вариант фамилии Негин, но с сохранением исходного окончания основы. Подобные переоформления встречались у народов Северного Кавказа, например у осетин или балкарцев, при получении паспортов в XIX — начале XX века.

Менее вероятна, но возможна связь с грузинской фамилией Негинэ, где суффикс -э указывает на происхождение. В Грузии фамилии на -э (как Кварацхелия, Джугели) распространены в западных регионах. Однако для грузинской модели типично ударение на последний слог и отсутствие суффикса -ин, что делает эту версию слабой.

Не стоит искать в фамилии русский корень «нега» (нежность) — для образования фамилии от этого слова использовали бы суффикс -ин (Негин). Окончание -э здесь чужеродно и указывает на иную языковую среду.

Таким образом, предок носителя фамилии Негинэ, скорее всего, был выходцем с Кавказа или из тюркоязычной среды, а его фамилия изначально звучала как Негин или Негинэ, что означало «драгоценность» или «жемчужина». В русских документах её записали почти без изменений, сохранив нестандартное окончание, что и делает эту фамилию такой узнаваемой.