Фамилия Негоменджанов — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует внимания к нескольким слоям сразу. Скорее всего, перед нами русифицированная форма восточной фамилии, образованной от сложного имени или прозвища. Основа «Негоменджан» явно не славянская: в ней угадываются тюркские или иранские корни. Ключевой элемент — «менджан» или «меджан» — может восходить к персидскому «мехр» (солнце, любовь) или тюркскому «мен» (я) с аффиксом принадлежности. Первая часть «Него-» — вероятно, искажённое «нек» или «нег» (хороший, добрый) из тюркских языков. То есть исходное имя могло означать «добрый душой» или «солнечный человек».

Суффикс «-ов» указывает на обрусение фамилии: её носитель или его отец получили фамилию по русской модели, добавив типичное окончание к восточной основе. Такое часто происходило в XIX — начале XX века среди народов Поволжья, Кавказа или Средней Азии при контакте с русской администрацией. В отличие от фамилий на «-ев» или «-ин», здесь суффикс присоединён к целому слову, не усекая его, что говорит о поздней фиксации.

Географически фамилия может быть связана с регионами, где смешивались тюркские и персидские языки: например, Азербайджан, Дагестан, Татарстан или Средняя Азия. Встречается она крайне редко — в современных базах данных зафиксированы единичные случаи, преимущественно на юге России. Сословно предки могли быть крестьянами или ремесленниками, но точных данных нет: фамилия не попала в дворянские родословные книги.

Интересна и альтернативная версия: «Негоменджанов» могло возникнуть как прозвищная фамилия от диалектного слова. В некоторых говорах «негом» означало «немощный», а «менджан» — искажённое «меняться». Но эта гипотеза слабая: фамилия не имеет славянских аналогов, и её структура явно указывает на восточное происхождение. Правдоподобнее считать, что основа — составное личное имя, которое при переносе в русский язык получило стандартное окончание.