Фамилия Негомодзянов — одна из тех, чья структура сразу выдаёт необычное происхождение. В её основе лежит не имя и не профессия, а целое прозвище-предложение. Разберём её по частям: «Не» — частица отрицания, «гомо» — возможно, искажённое «гомить» (шуметь, галдеть) или диалектное слово, а «дзянов» — либо вариант фамилии Дзянов (от тюркского «джан» — душа), либо часть прозвища. Наиболее вероятно, что фамилия образовалась от прозвища Негомодзя, которое дали человеку с тихим нравом или тому, кто не участвовал в общих гульбищах. Отрицательная частица «не» в русских прозвищах — явление распространённое: вспомним Несмеяна, Некрас, Немир. Здесь она срослась с основой, и фамилия получила характерный суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Негомодзи».

Модель образования фамилии — патронимическая, но от прозвища, а не от крестильного имени. Суффикс -ов типичен для русского ономастикона, однако основа необычна: она содержит сразу два корня, что для русских фамилий редкость. Первый корень «гом-» связан с глаголом «гомонить» — говорить, шуметь. Второй корень «дзя-» может восходить к южнорусскому или украинскому «дзя» (диалектное «дядя», «человек») либо к тюркскому «джан» (душа, жизнь) через форму «дзан». Если принять тюркскую версию, то прозвище Негомодзя могло означать «не шумная душа» или «не крикливый человек». В таком случае фамилия отражает не только характер, но и возможные контакты с тюркоязычными соседями — например, с татарами или башкирами.

Географически фамилия редкая и встречается преимущественно в Поволжье, особенно в Оренбургской области и Башкортостане. Это даёт основания предполагать, что прозвище могло сложиться на стыке русских и тюркских диалектов. Встречаются варианты написания: Негомодзянов, Негомодзянов, реже — Негомодзянов. Ударение, судя по произношению носителей, падает на второй слог: Негомо́дзянов.

Социальный контекст фамилии типичен для крестьянской среды: прозвища давали в быту, часто иронично или описательно. Человек по прозвищу Негомодзя мог быть молчуном, домоседом или просто человеком, который избегал шумных сборищ. Фамилия не получила широкого распространения, что говорит о её локальном характере — она могла закрепиться в одном-двух селениях. В дворянских родословных книгах она не зафиксирована, что тоже указывает на крестьянские или мещанские корни.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то ближайшие аналоги — Гомозов (от «гомозить» — суетиться), Гомзин (от диалектного «гомза» — кошель) и Дзянов (от «джан»). Негомодзянов стоит особняком: в ней нет суффиксов -ин или -ский, которые часто указывают на географическое происхождение, зато есть редкая конструкция с отрицанием, что делает фамилию почти уникальной в русском ономастиконе.