Фамилия Неифеденкин — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходное имя. На первый взгляд, корень «неифед» кажется тёмным и неочевидным, но на самом деле перед нами пример народной, «бытовой» фонетики, закрепившейся в официальном документе.

Основа фамилии — каноническое имя Неофит (от греческого «неофитос» — новообращённый, новичок). В русских говорах это имя упрощалось до форм Нефёд и Нефед (с ударением на второй слог). Именно от разговорного варианта Нефед и образована фамилия. Но почему на письме появилось «и»? В дореволюционных метриках и переписных листах имя нередко записывали на слух как «Неифед» — через «и» перед «ф», что отражало реальное произношение (среднее между «е» и «и» в безударной позиции). Так родилась форма Неифеденкин, где «Неифед» — это всё тот же Нефёд, но в непривычном для современного глаза написании.

Суффикс -енк- (в форме -енкин) типичен для восточноукраинских и южнорусских фамилий. В XVII–XVIII веках на территориях Слобожанщины, Курской, Воронежской губерний фамилии на -енко означали «сын такого-то» (Нефеденко — сын Нефеда). При переходе в великорусскую среду или при русификации фамилия часто получала окончание -ин (Нефеденко → Нефеденкин). То есть Неифеденкин — буквально «сын Неифеда (Нефеда)», а точнее — потомок человека по имени Неофит.

Географически фамилия тяготеет к зоне смешения украинского и русского влияния: её носители исторически встречаются в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на западе Ростовской области. Встречаемость крайне низкая — фамилия не входит даже в первую тысячу по частотности в России, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Неифеденкин, ваши предки почти наверняка жили в узком ареале между Курском и Харьковом.

Однокоренные фамилии — Нефёдов, Нефедьев, Нефеденко, Нефедкин. Все они восходят к одному источнику, но Неифеденкин выделяется архаичным написанием, которое сохранило следы живой речи XVIII века.