Основой фамилии Нехуженко послужило мирское имя Нехуда. Имя Нехуда образовалось из прилагательного «худой» в значении «неладный, негодный, больной, немощный» с помощью отрицательной приставки «не-». Следует отметить, что подобные «отрицательные» имена присваивались детям с целью отвращения злых сил. Для того чтобы не искушать судьбу и отвести зло, детям давались имена, содержащие основу, по значению прямо противоположную тому, что ожидали или желали родители для детей. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Нехудой. Чередование звуков в основе фамилии Нехуженко связано с влиянием диалектов и говоров.