Фамилия Немелковский — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную. Судя по форманту -ский, перед нами типично польский или западнорусский (шляхетский) тип фамилии, образованный от названия места. Корень — Немелк- — указывает на топоним Немелково или Немелка. Такие названия встречаются на территории бывшей Речи Посполитой: например, деревня Немелково есть в Витебской области Беларуси. Первым носителем фамилии был, скорее всего, местный шляхтич, владевший этим хутором или деревней, либо человек, переселившийся оттуда и получивший прозвание по месту выхода.

Вторая, менее вероятная версия отталкивается от прозвища Немелкий. В древнерусском языке «мелкий» означало не только размер, но и социальный статус — незнатный, бедный, «мелкий людишка». Прозвище Немелкий могли дать человеку видному, рослому или, наоборот, зажиточному — то есть «не мелкому» в прямом и переносном смысле. Однако суффикс -овский в этом случае выглядит натяжкой: от прозвищ на -ко, -ок обычно образовывали фамилии через -ов, а не -ский (ср. Мелков, а не Мелковский). Поэтому топонимическая версия убедительнее.

Обратите внимание на начальное Не-. В отличие от фамилий, где «не» — это отрицательная частица, слившаяся с корнем (Некрасов, Несмеянов), здесь она, вероятно, входит в состав самого названия. Польские и белорусские топонимы с «не-» нередки: Немиров, Неман, Немцевичи. Это снимает вопрос о том, «не мелкий» ли был предок, — скорее всего, он был просто «тем, кто из Немелкова».

В написании фамилии возможна путаница: Немелковский и Немилковский — разные фамилии. Вторая происходит от имени Немил (нелюбимый ребёнок) или топонима Немилково. Если ваши предки родом из Беларуси или Смоленщины, а фамилия пишется через «е», почти наверняка речь о деревне Немелково. Если документы колеблются между «е» и «и», стоит проверить конкретную местность: в некоторых говорах «е» переходило в «и» под ударением.