Фамилия Немушенко звучит на украинский лад, и суффикс -енко прямо на это указывает. В украинской ономастике это типичный патронимический формант, означающий «сын» или «потомок»: Немушенко — буквально «сын Немуша». Вся загадка фамилии, таким образом, упирается в прозвище Немуш.

Самое простое и прямое объяснение: Немуш — это человек, которого прозвали за неразговорчивость или молчаливость. В русских и украинских говорах слово «немой» часто переходило в прозвища с уменьшительными суффиксами, и «Немуш» — один из таких вариантов. Прозвище могли дать не глухонемому, а скорее человеку неболтливому, угрюмому или, наоборот, тому, кто умел держать язык за зубами. В старину такие «молчаливые» прозвища были распространены не меньше, чем «Говорун» или «Шум».

Версия с украинским корнем «нема» (нет) менее вероятна, хотя и встречается в любительских этимологиях. Слово «нема» — это безличная форма глагола, и образовать от неё прозвище Немуш сложно: для этого пришлось бы переосмыслить её как имя, что на практике почти не встречается. Куда правдоподобнее, что перед нами именно прозвище от «немой», прошедшее через уменьшительную форму.

Модель образования фамилии типична для Левобережной Украины и юга России — территорий, где в XVII–XVIII веках активно закреплялись фамилии на -енко. В реестрах запорожских казаков и переписях Слобожанщины можно найти множество подобных прозвищ, позже ставших фамилиями. Немушенко — не самая частая фамилия, но и не редкая: её носители встречаются в Черниговской, Сумской и Полтавской областях, а также в Краснодарском крае, куда переселялись украинские крестьяне.

Интересно сравнить Немушенко с однокоренными фамилиями: Немов, Немой, Немыкин. Если Немов — это прямой отказ от прозвища «Немой», то Немушенко — ласкательная или уменьшительная форма. Такое слово могло быть домашним, внутрисемейным прозвищем, которое позже закрепилось за родом. Социального статуса фамилия не выдаёт: среди казаков и крестьян прозвища давали по внешности или характеру, а не по сословию.