Фамилия Неников образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — с суффиксом -ов, который в этом случае присоединён к основе Неник. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Неника» или «из рода Неника». Сама основа Неник — это, скорее всего, не полное имя, а краткая, обиходная форма крестильного имени, причём здесь возможны два варианта, и оба связаны с греческими корнями.

Первый и самый вероятный источник — имя Нектарий (от греческого «нектар», напиток богов). В просторечии оно могло сократиться до форм Некта́, Нектя́, а затем перейти в Неня или Неник, особенно в говорах с аканьем или с заменой глухих согласных. Второй вариант — от имени Никифор (греч. «несущий победу»). Его уменьшительные формы Ника, Никуша, Никиша иногда давали вариант Неник через перестановку звуков или под влиянием соседних диалектов. В любом случае, перед нами типичная «полуотчество»: фамилия закрепилась, когда человека в быту звали не полным именем, а сокращённым, и это прозвище перешло к детям.

Интересная деталь: фамилия Неников нечастая, и её география может подсказать, какой из вариантов верен. Она встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской областях. В этих краях было распространено имя Нектарий (в монашеской среде и среди крестьян, чтивших святых). Если бы фамилия шла от Никифора, логичнее было бы ожидать большего числа Нениковых на юге или в Поволжье, где Никифор был популярнее. Поэтому версия с Нектарием выглядит убедительнее.

Сравните с однокоренными фамилиями: Нектарьев, Нектаров — они редки, а вот Неников мог возникнуть как раз из-за того, что исходное имя Нектарий в быту «обрусело» до неузнаваемости. В писцовых книгах XVII века можно встретить запись «Неник, крестьянин», что подтверждает: такое прозвище существовало как самостоятельное, без привязки к полному имени. Фамилия не указывает на дворянское происхождение или особое сословие — её носителями были, скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию в эпоху массового закрепления родовых имён в XVIII–XIX веках.