Фамилия Ненортене — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но происхождение угадывается с трудом. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает: перед нами не исконно русская фамилия, а, скорее всего, литовская или латышская. Характерное окончание -ене (в литовском -ienė) — типичный суффикс, образующий женские фамилии от мужских основ. В Литве и Латвии фамилии жён и дочерей часто отличаются от мужских: мужчина мог быть Ненортас (Nenortas) или Ненортис, а его жена или дочь — Ненортене. Таким образом, современный носитель фамилии Ненортене почти наверняка имеет женский вариант фамилии, закреплённый документально, либо фамилия досталась от матери по линии, где балтийская традиция сохранилась.

Основа Ненорт- восходит к литовскому корню. Самая вероятная версия — от слова nerti (нырять, погружаться, а также в переносном смысле «ускользать», «выкручиваться»). В таком случае Ненортас могло быть прозвищем человека неуловимого, ловкого или, наоборот, скрытного. Менее вероятно, но возможно, что корень связан с nėra — «нет, не имеется». Тогда прозвище могло означать «не имеющий чего-то» (например, земли или дома) — такое прозвище давали бедняку или пришлому человеку. Обе версии укладываются в балтийскую традицию прозвищ, но первая — с «нырянием» — встречается в литовских фамилиях чаще (ср. Неруша, Нерушайтис).

Географически фамилия тяготеет к восточной Литве и приграничным районам Беларуси, где исторически жили литовцы и балто-славянские контактные группы. В русских документах XIX века такие фамилии могли записывать на слух, поэтому встречаются варианты Ненортене, Ненортене, Ненортене. Сословно носители чаще всего были крестьянами или мещанами — дворянские балтийские фамилии обычно оканчиваются на -ский. В современной России фамилия крайне редка, её носители, скорее всего, потомки литовских или латышских переселенцев.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия Ненортене — не выдумка и не ошибка писаря. Она хранит след балтийского словообразования, и её разгадка лежит в литовском языке, а не в русском. Если вы ищете предков по этой фамилии, стоит обратить внимание на метрические книги Ковенской, Виленской или Сувалкской губерний — там могли записать мужскую форму Ненортас.