Фамилия Ненюс — редкий случай, когда написание почти не оставляет сомнений в происхождении. В отличие от множества фамилий на -ов или -ин, она сохранила свою первичную форму без типичных русских суффиксов принадлежности. Это указывает на то, что перед нами, скорее всего, «окаменевшее» прозвище, которое перешло в фамилию напрямую, без добавления -ов/-ев или -ин.

Корень здесь — «неню-», что прозрачно отсылает к глаголу «нюхать» с отрицательной частицей «не». Прозвище Ненюх или Ненюс могли дать человеку с плохим обонянием или, в переносном смысле, недогадливому, нечуткому. В русских говорах слово «нюх» означало не только обоняние, но и чутьё, смекалку. Соответственно, Ненюс — тот, кто «без нюха», не проницательный. Форма на -ус — редкая, но встречающаяся в северных и центральных русских говорах, где фамилии иногда застывали в таком виде под влиянием местного произношения или как следствие польской или украинской письменной традиции (суффикс -ус в украинском языке мог оформлять прозвища).

Версия о литовском или жемайтском происхождении (от личного имени Nenius) менее вероятна, но не исключена. Если фамилия балтская, то её основа могла быть связана с корнем *nen- (как в литовском nenuorama — «непоседа»). Однако для русского уха и русской словообразовательной модели версия с «не нюхать» выглядит более естественной и объяснимой без привлечения инославянских словарей.

Носители фамилии Ненюс встречаются в основном в западных регионах России, а также в Беларуси и на Украине, что подтверждает её вероятное происхождение из западнорусских или малороссийских земель, где такие «застывшие» прозвища были распространены. Социального статуса фамилия не указывает — её мог получить и крестьянин, и мещанин, и казак. В дворянские роды Ненюсы, судя по доступным родословным книгам, не входили.