Фамилия Непоменко звучит так, будто предок хотел что-то скрыть или недоговорить. На слух она почти сливается с украинским «непоменяй» — то есть «не меняй, не заменяй». Но лингвисты смотрят на неё иначе: это типичная фамилия украинского происхождения, образованная по модели «прозвище + суффикс -енко».

Основа Непома или Непом — это, скорее всего, искажённое или сокращённое от «непоминающий». В старину так могли назвать человека забывчивого, не помнящего родства или обид. Другая версия, более прозаичная: прозвище Непоменя (человек, который не делает обмен, не меняет решений) со временем потеряло конечную «я» и получило фамильный суффикс. Суффикс -енко характерен для Поднепровья и Левобережной Украины, где фамилии на -енко в XVII–XVIII веках стали массово закрепляться за казаками и крестьянами.

Спорный момент — связь с «непомнящий родства». В русских документах так называли беглых крестьян, которые не могли вспомнить, чьи они. Но фамилии от этого оборота в украинской среде редки, и Непоменко скорее обязана своим появлением местному прозвищу, чем юридическому статусу. В пользу этого говорит и географическая привязка: фамилия чаще встречается в Полтавской, Черниговской и Харьковской областях, где суффикс -енко доминирует.

Однокоренные варианты — Непомнящий, Непомнящих (русские аналоги), а также Непоменя (прямое прозвище). Иногда фамилию путают с Непомненко, но та происходит от «непоменный» — не подлежащий замене. Сословная принадлежность предков Непоменко, скорее всего, казацкая или крестьянская, без дворянских корней: фамилии на -енко в массе своей не были аристократическими.