Фамилия Непышневский — редкий случай, когда отрицание «не» вросло в основу, а не было приставкой, которую можно отбросить. В русских фамилиях на -ский, образованных от географических названий, «не» обычно указывает на отсутствие чего-то в топониме: Негорелое, Несвиж. Но здесь корень иной.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Непышный или Непышня. Пышный в старых говорах означало не только «роскошный», но и «гордый, надменный, спесивый». Непышный — человек скромный, простой, без заносчивости. Такое прозвище могли дать человеку нрава тихого или же, напротив, с иронией — тому, кто пытался казаться важным, но не выходило.

Суффикс -евск- (с беглым е) указывает на происхождение от названия населённого пункта. Вероятно, существовала деревня Непышнево или Непышная, а её жители стали Непышневскими. В польской и западнорусской традиции фамилии на -ский часто получали дворяне, но в данном случае это мог быть и крестьянский род, переселённый или записанный по месту жительства. Вариант с «невский» (от Невы) маловероятен — тогда фамилия звучала бы как Невинский или Невский.

Фамилия встречается крайне редко, преимущественно в центральных областях России и на юге. В дореволюционных метрических книгах её носители — мещане и однодворцы, то есть потомки служилых людей, охранявших южные рубежи. Никаких знаменитых Непышневских в истории нет, что только подтверждает: фамилия осталась в тени, сохранив бытовую, непарадную память о предке, которого за скромность или неловкую гордость прозвали Непышным.