Фамилия Нергачев — редкая и неочевидная с точки зрения корня. Её основа, «Нергач», в современном русском языке не встречается, и это как раз тот случай, когда разгадку надо искать не в словарях литературной лексики, а в диалектах и в фонетических особенностях старых говоров.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Нергач, образованное от глагола «нергать» или близкого к нему диалектного слова. В северных и сибирских говорах «нергать» означало «ворчать, брюзжать, сердито бормотать». Соответственно, Нергач — ворчливый, недовольный человек. Суффикс -ач в русских прозвищах типичен для характеристики человека по действию (ср. «кричать — крикач», «трещать — трещач»). В таком случае фамилия Нергачев — это «сын Нергача», то есть потомок ворчуна.

Есть и другая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование. В некоторых говорах «нерга» — это название небольшой рыбки, разновидности ерша или бычка. Тогда Нергач мог быть прозвищем рыбака, ловившего такую рыбу, или же человека маленького роста, колючего по характеру — по аналогии с ершом. Однако первая версия (от «ворчать») подкрепляется тем, что в русской ономастике гораздо больше прозвищ, данных за черты характера, чем за промысловые детали.

Суффикс -ев в окончании указывает на принадлежность: чей? — Нергачев. Это стандартная патронимическая модель, самая распространённая в русских фамилиях, но здесь она прикреплена к редкой основе.

Фамилия явно недворянская и недуховная. Она бытовала в крестьянской среде, скорее всего, на севере или северо-востоке Европейской России, где диалектное слово «нергать» было в ходу. Поиск по современным базам показывает, что Нергачевы встречаются преимущественно в Кировской области и в Пермском крае — как раз в зоне распространения северорусских говоров, что косвенно подтверждает первую версию.

Таким образом, предок современных Нергачевых получил прозвище за свой неуживчивый, брюзгливый нрав, и это слово, уйдя из живой речи, сохранилось в фамилии.