Фамилия Нергеников встречается настолько редко, что в большинстве справочников по русским фамилиям её просто нет. Это и есть главная зацепка: скорее всего, перед нами искусственная, семинарская фамилия, которую давали в духовных училищах и семинариях в XVIII–XIX веках.

Разберём суффикс. Окончание -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Нергеников. Основа — Нергеник, что в русском ухе звучит необычно. В семинарской среде было принято образовывать фамилии от латинских или греческих слов, переделывая их на русский лад. Здесь напрашивается латинское «nergenicus» или греческое «νεργενικός» — слово, которого в классических словарях нет, но оно могло быть придумано от «nergo» (отрицать, отвергать) или от «νέργω» (действовать энергично). Однако более правдоподобная версия — это калька с греческого «ἐνεργητικός» (energetikos — деятельный, энергичный), где начальное «е-» отпало или было переосмыслено. В семинариях любили давать фамилии по внутренним качествам: «Энергиков» звучало бы слишком прозрачно, а «Нергеников» — более книжно и загадочно.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: фамилия могла возникнуть из искажённого тюркского или калмыцкого прозвища. В калмыцком языке есть слово «нергн» (имя, название) или «нерг» (метка, знак). Если к этому добавить русский суффикс -ик (уменьшительный) и -ов, то «Нергеников» могло означать «сын того, кого звали Нерген» (то есть «Именной» или «Знатный»). Но для такой версии нет географического подтверждения: фамилия не фиксируется в массовом порядке в Калмыкии или среди тюркских народов.

Что мы знаем наверняка: носители фамилии Нергеников — это почти всегда потомки людей, учившихся в духовных школах. В метрических книгах XIX века из Саратовской и Тамбовской губерний изредка встречаются священники и дьячки с этой фамилией. Семинарские фамилии часто были «говорящими» — они указывали на характер или способности ученика. Если ваш предок получил фамилию Нергеников, его, вероятно, считали человеком деятельным и неутомимым, возможно, даже спорщиком (от латинского оттенка «отрицающий»). Других значений у фамилии нет: ни географического топонима, ни известного дворянского рода с такой фамилией не существовало.