Фамилия Несимко — редкий случай, когда написание говорит о произношении больше, чем о происхождении. В ней слышен украинский или белорусский говор: мягкое «с» перед «и» (как в слове «сито») и характерный суффикс -к(о), который в этих языках встречается чаще, чем в русском. Если бы фамилия возникла в великорусской среде, скорее всего, она выглядела бы как Несимов или Несимкин. Суффикс -ко типичен для восточнославянских фамилий, образованных от прозвищ или крестильных имён, и часто указывает на территорию современной Украины, юго-западных областей Беларуси или юга России.

Основа фамилии — личное имя Несим. Это не каноническое церковное имя, а разговорная форма от Неофит (греч. «новообращённый») или, реже, от Нестор. В народной речи такие имена усекали и переделывали на свой лад: Неофит превращался в Несима или Несима, а потом и в Несимко — как уменьшительное или прозвище. Есть и другая версия: основатель рода мог получить прозвище Несимый — то есть «тот, кого не согнуть, не сломать», но в фамилию оно попало через усечённую форму.

Географически фамилия редкая. Её носители встречаются в основном на Полтавщине и в соседних областях, что косвенно подтверждает украинский путь образования. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется — это значит, что род был немногочисленным или принадлежал к крестьянскому сословию, которое не всегда попадало в подробные ревизские сказки.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: Несим (основа) + -к(о) (патронимический суффикс, указывающий на принадлежность). Буквально: «сын Несима» или «человек из рода Несимов». В современном языке фамилия склоняется по правилам украинских фамилий на -ко (несклоняема в мужском роде, но в женском — Несимко, Несимко, Несимко), хотя в русской традиции её часто оставляют без изменений.