Фамилия Нецерина — женская форма, мужской вариант — Нецерин. Сразу бросается в глаза редкость суффиксальной модели: фамилия образована не через стандартные -ов/-ев или -ин, а с помощью суффикса -ин, но при этом основа заканчивается на -ер, что для русских фамилий нетипично. Это сразу наводит на мысль о неисконно русском корне.

Самая вероятная версия — основа от западного имени или прозвища Нецер. В польском и чешском языках есть слово niecer (сравните с польским niecny — «нечестный, подлый»), но вряд ли фамилия пошла от прямого оскорбления. Гораздо правдоподобнее, что Нецер — это сокращённая форма от имени, например, от Игнатий (через польское Ignacy → Ignac → Niecer?) или от немецкого Netzer (корень netz — «сеть»). В таком случае Нецерин — «сын Нецера» или «тот, кто из рода Нецера».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Нецерина буквально значит «жена или дочь Нецера». Такая модель типична для северных и центральных областей России, но с западной основой фамилия могла закрепиться в регионах, где было сильное польское или немецкое влияние — в Смоленской, Брянской губерниях, на западе современной Беларуси или среди переселенцев.

Менее вероятная, но возможная версия — от диалектного глагола «нецерить» (в некоторых говорах — «нецедить», «нецеловать»), то есть недоговаривать, хитрить. Но это скорее народная этимология: письменных источников, подтверждающих бытование такого глагола, нет. Ономастика предпочитает объяснение через личное прозвище или адаптированное иностранное имя.

В словарях фамилия не фиксируется как распространённая. Это редкая, локальная фамилия. Её носители, скорее всего, происходят из одного корня — из небольшой группы людей, получивших прозвище Нецер, которое затем закрепилось за потомками. Сословной привязки нет: фамилия могла встречаться и у крестьян, и у мещан, если предок был выходцем из западных земель.