Фамилия Невдобенко звучит нарочито по-украински, и это не случайно: её основа — украинское прозвище Невдоба. В переводе оно означает «неудоба». Слово редкое и сегодня почти забытое, но в старину им обозначали всё, что создаёт неудобство, а также сами неудобные, тягостные отношения. Рядом существовал и глагол «неудобить» — «не содействовать, не помогать», «мешать, препятствовать», «идти наперекор».

Отсюда понятен смысл прозвища. Невдобой могли иронично назвать человека навязчивого, который постоянно мешал другим, отвлекал от дел или, хуже того, вставлял палки в колёса. Такие именования — не редкость в народной традиции: прозвище закреплялось за человеком как насмешливая, но точная характеристика, и со временем полностью заменяло имя в быту и в официальных бумагах.

Формант -енко в фамилии Невдобенко — типичный украинский патронимический суффикс. Первоначально он означал «сын такого-то»: Невдобенко — сын Невдобы. Подобная модель массово распространилась на Левобережной Украине и в Запорожье, откуда фамилии с -енко разошлись по всей стране. Так что предки носителей фамилии, скорее всего, жили в украинских землях, а родоначальник получил прозвище за характер, который окружающим казался неудобным.

Интересно, что в русском языке слово «неудоба» тоже встречалось, но в несколько ином значении — как нечто непригодное, неладное. Однако именно украинское звучание основы и суффикс указывают на южнорусское происхождение фамилии. В документах встречаются и более ранние формы — Невдобенко, Невдобенков, но все они восходят к одному прозвищу.