Фамилия Нежегольский звучит так, будто за ней стоит географическое название, и это действительно так. Её основа — гидроним Нежеголь, название реки в Белгородской области, правого притока Северского Донца. На этой реке стоит село Нежеголь, а также известная Нежегольская крепость, основанная в XVII веке для защиты южных рубежей Русского государства. Типичный суффикс -ский указывает на то, что фамилия образована по модели, характерной для польской и украинской шляхты, а затем и для русского дворянства и духовенства: от названия места жительства или владения. Первым носителем, скорее всего, был человек, который происходил из Нежеголя или владел там землёй.

Однако есть и другой, более редкий вариант происхождения, который не стоит сбрасывать со счетов. Фамилия могла возникнуть как прозвище, связанное с диалектным словом «нежеголь» или «нежголь». В южнорусских говорах так могли называть нерасторопного, вялого человека — буквально «того, кто не жжёт», то есть не проявляет живости и огня. Эта версия менее популярна, но лингвистически возможна: суффикс -ский мог присоединиться к прозвищу уже позже, при оформлении фамилии в официальных документах. Тем не менее, связь с рекой и крепостью выглядит убедительнее: фамилия Нежегольский встречается в основном в тех же краях — в Белгородской, Курской, Воронежской областях, где эта река и её притоки были хорошо известны.

Фамилия эта довольно редкая. В дореволюционных списках она иногда писалась через «о» — Нежогольский, что отражает местное произношение. Сословная принадлежность первых Нежегольских могла быть разной: от однодворцев (государственных крестьян, потомков служилых людей) до священников, которые часто брали фамилии по названию села, где стоял храм. В любом случае, корень у фамилии прозрачный и местный, без запутанных заимствований.