Фамилия Нибилус — редкий случай в русском ономастиконе, где иноязычная основа сочетается с латинским суффиксом. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а искусственное или книжное образование, возникшее в среде духовенства или университетской интеллигенции.

Разберем суффикс. Окончание -ус характерно для латинского языка: так оформляли фамилии в семинариях, когда будущим священникам давали «благозвучные» фамилии на латинский манер. В русских списках встречаются Розовус, Сперанский, Беневоленский, но есть и более редкие варианты вроде Нибилус. Основа Нибил- может восходить к латинскому nubilus — «облачный, пасмурный, туманный». В этом случае фамилия могла означать «облачный», «туманный» — либо как характеристика характера (задумчивый, меланхоличный), либо как метафора возвышенного, устремленного в небо.

Есть и вторая, менее вероятная версия: основа могла произойти от немецкого или скандинавского имени или прозвища. В немецком языке существует фамилия Nibel (от древневерхненемецкого nibel — «туман», «мгла»), а суффикс -us мог добавиться при русификации, чтобы придать фамилии «ученый» вид. Но в таком случае ожидалось бы написание Нибелус, а не Нибилус.

Третий вариант — искусственное конструирование фамилии в XIX веке, когда дворяне или чиновники сами придумывали себе звучные фамилии, комбинируя латинские корни. Нибилус могло означать «нечто туманное, неясное» — возможно, как отражение профессии или увлечения астрономией.

География фамилии крайне узкая. В современных российских базах Нибилус встречается единично, в основном в центральных регионах и на юге России. В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется, что подтверждает версию о позднем, книжном происхождении.

Таким образом, Нибилус — фамилия-загадка, скорее всего, семинарского или искусственного происхождения, связанная с латинским словом «облачный». Носитель такой фамилии мог быть сыном священника, получившим «небесную» фамилию, или потомком образованного человека, выбравшего редкое и звучное имя для своего рода.