Фамилия Ничужкина принадлежит к распространённому в России типу фамилий, образованных от женских прозвищ или имён с помощью суффикса -ин. В данном случае основа — Ничужка, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «дочь или жена Ничужки». Мужской вариант фамилии — Ничужкин.

Само прозвище Ничужка — уменьшительно-ласкательная форма от имени или прозвища Ничуга, Ничок. Скорее всего, в основе лежит древнерусское нецерковное имя Нич, Ничок. В документах XV–XVII веков встречаются люди с похожими именами: крестьянин Ничко (1495 год, Новгород), холоп Ничко (1539 год, Переяславль). Имя Нич, по одной из версий, могло быть сокращением от славянского двусоставного имени типа Никита (Никитка → Ничко) или от имени Никифор. Однако более правдоподобно, что это самостоятельное прозвище, связанное со словом «ничком» (лицом вниз). Так могли назвать ребёнка, который часто падал или спал, уткнувшись лицом в подушку. В говорах «ничка» означала также «ямочка, впадинка» — возможно, прозвище дали по какой-то характерной черте внешности.

Суффикс -к- в основе Ничужка (с переходом ч/ж) типичен для русских уменьшительных имён: Ничок → Ничожка → Ничужка. Подобные образования характерны для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин особенно часты. Географически фамилия Ничужкин встречается в основном в Поволжье и на Урале, что указывает на возможное переселение предков из новгородских или вятских земель.

Социально фамилия Ничужкин, скорее всего, крестьянская или посадская. В ревизских сказках и переписях XVIII–XIX веков носители этой фамилии записаны как государственные крестьяне или мещане. Среди известных людей с такой фамилией нет громких исторических фигур, что говорит о её бытовом, «земном» происхождении: предки были простыми людьми, получившими фамилию по домашнему прозвищу.

Интересно, что фамилия Ничужкина сохранила редкую архаичную форму — с мягким согласным в основе (Ничужк-а, а не Ничужк-о). В русской ономастике это указывает на то, что фамилия могла закрепиться в женской форме раньше, чем мужская, либо что прозвище Ничужка изначально было женским (например, так звали мать или бабку). В любом случае, перед нами живой след народной речи, где уменьшительные имена были повседневной нормой.