Фамилия Ниджакаев — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор стоит начать с географии. Скорее всего, она имеет тюркские корни, а точнее — кавказско-тюркские или казахские. Основа фамилии — имя или прозвище Ниджакай (Ниджак), которое образовано с помощью тюркского аффикса -кай, придающего уменьшительно-ласкательный или принадлежностный оттенок (как в именах Ахметкай, Байкай). Русский суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что в основе лежит основа, оканчивающаяся на мягкий согласный или -й: Ниджакай → Ниджакаев, то есть «сын Ниджакая».

Само имя Ниджакай, скорее всего, восходит к арабскому корню «надж» (نجا) — «спасать», «избавлять». В тюркских языках распространены имена типа Наджи, Наджат, которые означают «спасённый», «спаситель». Форма Ниджакай могла возникнуть как народный вариант или как производное от полного имени с добавлением тюркского суффикса. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с казахским словом «ныжак» — «плохой», «слабый», но в качестве прозвища это маловероятно для фамильной основы, так как такие прозвища обычно не передавались в неизменном виде.

Фамилия практически не встречается в центральных и западных областях России. Её носители сосредоточены в регионах, граничащих с Казахстаном, на Северном Кавказе (особенно в Дагестане и Чечне, где распространены кумыкские и ногайские фамилии), а также среди астраханских и ставропольских тюрков. Встречаются варианты написания Ниджаков (с утратой -ай) и Ниджакаев (с сохранением). Сословно носители фамилии относились в основном к крестьянству или казачеству, но из-за редкости фамилии точных сведений о дворянских ветвях нет.

Если ваши предки — Ниджакаевы, то, скорее всего, они происходят из среды, где имя давали с надеждой на благополучную судьбу: «спасённый» или «избавленный от беды». Фамилия не носит следов искусственного происхождения (как семинарские или новообразованные), а значит, её история уходит в ту эпоху, когда прозвище или уменьшительное имя закрепилось за родом.