Фамилия Ниибаца — редкий случай, когда этимология лежит на поверхности, хотя и не сразу очевидна для русского уха. Это не славянская и не тюркская фамилия, а грузинская, и её разбор требует знания особенностей грузинского словообразования.

Основа фамилии — Ниибац. В грузинском языке суффикс -ия (-ია) — один из самых распространённых фамильных показателей (ср. Гамсахурдия, Шеварднадзе, но с другим аффиксом). Однако в данном случае мы видим окончание -а, которое в русской передаче часто замещает грузинское -ი (и). Правильнее было бы говорить о фамилии Ниибаци, но в русском языке она закрепилась как Ниибаца. Суффикс -ძე (-дзе) означает «сын», а -ია (-иа) — более редкий патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду или происхождение из определённого места.

Корень «Нииб» (ნიიბ) в грузинском языке не имеет прямого значения. Скорее всего, это топонимическая основа. Можно предположить, что фамилия образована от названия местности — села или урочища, где жил основатель рода. В грузинской ономастике много фамилий, образованных по модели «название места + -иа» (например, Мегрелиа — из Мегрелии, Гуриелиа — из Гурии). Вероятно, Ниибаца — это указание на выходца из поселения Нииба или Нииби.

Есть и другая, менее вероятная версия: корень может восходить к арабскому или персидскому слову, заимствованному через осетинский или армянский. Но без письменных источников по конкретной местности это остаётся догадкой.

Географически фамилия тяготеет к западной Грузии, где суффикс -иа особенно распространён (в отличие от восточной, где чаще встречается -швили или -дзе). Носители фамилии Ниибаца — это, скорее всего, потомки крестьян или мелких дворян из конкретного села, чья фамилия закрепилась в документах при переходе на русскую систему записи в XIX веке. В современной России фамилия встречается единично, что подтверждает её локальное происхождение и малую численность рода.