Фамилия Ниичаго — редчайший случай в русской ономастике. Она не вписывается в привычные модели образования русских фамилий: в ней нет суффиксов -ов/-ев, -ин, -ский, -их/-ых, а основа не похожа ни на одно известное славянское слово или имя. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а результат адаптации иноязычного прозвища или имени.

Наиболее вероятная версия — происхождение от тюркского или монгольского имени Ниичаго (или близкого к нему по звучанию). В бурятском и калмыцком языках есть имена с корнем «ниич» (нищий, бедняк) или «ниичэ» (стыд, позор), к которым добавлялся суффиксальный элемент. Такие имена давали в качестве оберега: считалось, что «плохое» имя оттолкнет злых духов. В русском быту подобные имена часто переделывали на свой лад, но в данном случае переход произошёл без типичных русских суффиксов — фамилия застыла в виде, близком к исходному произношению.

Вторая, менее правдоподобная гипотеза — искусственное происхождение. В XIX веке, при переписях, чиновники иногда записывали прозвища на слух, и если человек на вопрос «Как звать?» отвечал «Ничего» или «Ничаго» (от «ничего не знаю»), в документ могло попасть искажённое «Ниичаго». Однако это объяснение слабое: фамилия с таким написанием (двойное «и») встречается в единичных записях, и её носители, судя по скудным данным из архивов, жили в Сибири и Забайкалье — регионах с сильным тюрко-монгольским влиянием.

География бытования фамилии крайне узкая. По данным открытых источников, Ниичаго встречается буквально у нескольких семей в Иркутской области и Бурятии. Это подтверждает версию о локальном заимствовании: фамилия не получила распространения за пределами небольшой территории, где смешивались русские и азиатские традиции именования.

Если отбросить экзотические догадки (вроде случайной описки или перевода с японского), то наиболее обоснованным остаётся тюрко-монгольский след. Предки носителей фамилии Ниичаго, скорее всего, были крещёными бурятами или калмыками, получившими фамилию по имени-оберегу, которое впоследствии русифицировали без добавления суффикса. Встретить такую фамилию за пределами Восточной Сибири почти невозможно.