Фамилия Никапалиди — одна из тех, что сразу выдают греческие корни носителя, причём корни довольно конкретные. Её основа — греческое мужское имя Никифор (Nikiforos), что означает «несущий победу». В фамилии оно предстало в сокращённой, обиходной форме Никапас (Nikapas). Суффикс -иди (-idis) — классический греческий патронимический показатель, буквально «сын» или «потомок». Таким образом, Никапалиди — это «сын Никапаса», то есть потомок человека по имени Никифор.

Модель образования фамилии типична для понтийских греков, которые массово переселялись на юг Российской империи (в Крым, Приазовье, на Кубань) в XVIII–XIX веках из Малой Азии и с побережья Чёрного моря. В греческой ономастике суффикс -иди (встречается также вариант -ади) указывает не только на родство, но и на принадлежность к определённой региональной группе. У понтийцев он преобладает, тогда как у греков материковой Греции чаще встречаются окончания -пулос, -акос или -оглу.

В русском языке фамилия закрепилась в мужском роде как Никапалиди (несклоняемая, как и все фамилии на -иди), а в женском — Никапалиди. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Никапалиди́, что соответствует греческому произношению. Встречаются искажённые написания вроде Никопалиди или Никаполиди, но они возникают из-за смешения с другими греческими корнями (например, с городом Никополь) и не отражают исходного значения.

Сословная принадлежность первых носителей фамилии в России была разной. Среди понтийских греков встречались и зажиточные купцы, и ремесленники, и крестьяне. Фамилия не указывает на аристократическое происхождение, но и не несёт оттенка простонародности — она фиксирует обычную для греков модель именования по отцу. В советское время фамилия нередко русифицировалась, но Никапалиди сохранила свою узнаваемую форму, вероятно, из-за того, что её греческое звучание было важным маркером этнической идентичности для семьи.