Фамилия Нихилеев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, стоит разобрать её по составу и отбросить первое, самое очевидное, но ложное впечатление.

На слух фамилия может напомнить философское понятие «нигилизм» (от лат. nihil — «ничто»). Однако связь здесь в лучшем случае вторичная и шуточная. В русской ономастике фамилии на -еев (-еев) обычно образуются от основ, оканчивающихся на -ей или -ий. Корень «Них-» в данном случае, скорее всего, является искажением или диалектным вариантом от «Ник-» (Никита, Никифор) или от тюркского имени. Куда правдоподобнее версия, что перед нами вариант фамилии Никилеев или Николее — через чередование «к/х», характерное для южнорусских говоров или украинского языка. В украинском языке «хилити» означает «гнуть, наклонять», отсюда прозвище «Хилий» — сгорбленный, сутулый человек. Фамилия Нихилеев могла закрепиться за потомками такого человека, а приставка «Ни-» возникла как стяжение от «не» (нехилий) или как результат переосмысления на письме.

Вторая, более экзотическая версия отсылает нас к тюркским корням. Основа «них» или «ник» могла быть частью сложного имени (например, Нияз или Нихат). В таком случае фамилия Нихилеев могла возникнуть от имени Нихиль, которое, в свою очередь, является формой арабского имени Нахиль (пальма) или тюркского Нигмат (благо). Суффикс -еев указывает на русскую адаптацию: «чей?» — Нихилеев, то есть сын Нихиля. Такое происхождение типично для фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир или народов Кавказа, которые получали фамилии по отцу при переходе в православие.

Географически фамилия Нихилеев встречается крайне редко. Основные единичные носители зафиксированы в южных регионах России (Краснодарский край, Ростовская область) и в Забайкалье. Это разбросанное бытование как раз подтверждает, что фамилия не массовая и могла возникнуть независимо в разных местах от разных прозвищ. Сословно предки Нихилеевых с равной вероятностью могли быть как крестьянами, так и казаками — фамилии на -еев не дают здесь однозначной подсказки.

Таким образом, наиболее убедительная версия — диалектное искажение от «Никилеев» (от имени Никита) или прозвищное происхождение от «хилый» (сгорбленный). Тюркский след — возможная, но менее вероятная альтернатива для отдельных ветвей рода.