Фамилия Никлненко — редкий случай, когда написание уже подсказывает путь к разгадке. В ней сразу заметна нехарактерная для русского языка буква «к» перед суффиксом. Скорее всего, перед нами украинская или южнорусская фамилия, образованная по продуктивной модели на -енко (что означает «маленький», «сын» или «потомок»). Основа здесь — «Никлн». Но что это за основа?

Первый и самый очевидный вариант: перед нами искажение или диалектное произношение имени Николай. В народной речи имя Николая часто сокращали до Микола (отсюда Миколенко) или до Никл (отсюда Никлненко). Вставная буква «н» в середине могла появиться для благозвучия, чтобы избежать стечения согласных: Никл-енко звучит отрывисто, а Никлн-енко — более плавно. Таким образом, Никлненко — это «сын Никла», то есть потомок человека по имени Николай в его просторечной, уменьшительной форме.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная для южных областей бывшей Российской империи: фамилия могла произойти от прозвища Никлый. В украинских говорах «никлый» означает хилый, слабый, болезненный. Прозвище давали тщедушному человеку, а его дети становились Никленками. Форма Никлненко вместо Никленко могла закрепиться из-за акающего произношения: в безударном положении «е» звучит как нечто среднее, и на письме его могли заменить на «и», а затем переосмыслить как полную форму.

Географически фамилия тяготеет к Черниговской, Полтавской или Харьковской губерниям — классическому ареалу фамилий на -енко. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: род мог жить в одном селе или хуторе, и фамилия не получила широкого распространения. По социальному составу предки, скорее всего, были крестьянами или казаками — именно в этих слоях фамилии на -енко были основным способом именования в XVII–XIX веках.

Есть и орфографическая загадка. Если бы фамилия была чисто русской, её бы записали как Никлиненко или Никлов, но суффикс -енко выдает её украинские корни. Написание с двумя «н» (Никлненко) — не опечатка, а устойчивая форма, которую стоит воспринимать как данность. В документах XIX века могли писать и Никленко, и Никлненко, но закрепился именно второй вариант, возможно, из-за того, что основа ассоциировалась с полным именем Никлн (от Никл-ан).