Фамилия Никобенко — один из ярких примеров украинской фамильной модели на -енко. Этот суффикс, ставший визитной карточкой украинской ономастики, изначально означал «маленький», «сын» или «ученик». То есть Никобенко — это буквально «сын или потомок Никоба». Вопрос упирается в то, что за имя или прозвище скрывается в основе «Никоб».

Самая логичная версия — что перед нами народная, разговорная форма крестильного имени Никифор. В украинской и южнорусской традиции имя Никифор нередко сокращали до Никипор или Никип, а в некоторых говорах звук «к» переходил в «г» или наоборот. Отсюда могло возникнуть прозвище Никоб, которое и дало фамилию. Никифор в переводе с греческого значит «несущий победу», так что этимологически предок Никобенко мог получить имя в честь христианского святого или просто по святцам.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с редким каноническим именем Никоб (вариант Никобул), которое восходит к греческому «никос» (победа) и «буле» (совет). Однако имя это встречалось в среде православных крайне редко, поэтому гипотеза с Никифором выглядит убедительнее.

Географически фамилия Никобенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Киевской, а также встречается в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне. Типичный носитель такой фамилии — потомок казака или крестьянина, чьё прозвище (или сокращённое имя) закрепилось за семьёй в XVII–XVIII веках, когда на Левобережной Украине активно формировались фамилии на -енко.

Словообразовательная модель Никобенко не имеет варианта с русским суффиксом -ов, что подтверждает её чисто украинское происхождение. Если бы фамилия формировалась в великорусской среде, она звучала бы как Никобов. Сравните с однокоренными фамилиями — Никифоренко, Никипенко, где корень тот же, а суффиксальная часть варьируется.

Таким образом, фамилия Никобенко — типичное украинское «патронимическое» прозвище, указывающее на предка по имени Никоб (скорее всего, сокращение от Никифора). Никаких сложных сословных или профессиональных коннотаций она не несёт, а просто фиксирует родство по мужской линии.