Фамилия Никоченко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала массово вытеснять более древние патронимы. Суффикс -енко буквально означал «маленький» или «сын», то есть Никоченко — это «сын Никочи» или «потомок Никочи». Основа здесь нестандартная: если бы фамилия образовалась напрямую от канонического имени Николай (в украинской народной форме Микола), мы бы получили Миколенко или Никитенко. Корень «Никоч-» указывает на более редкую, возможно, диалектную или уменьшительно-ласкательную форму того же имени — Никоча, Никочка. В украинских говорах такие усеченные варианты (Нико, Никусь) встречались в быту, и от них через суффикс -енко и возникла фамилия.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с прозвищем Никоча от глагола «никать» (опускать голову, прятаться) или от слова «ник» (отросток, побег растения). Однако в ономастике преобладает мнение, что подавляющее большинство фамилий на -енко крестьянского и казацкого происхождения образованы именно от крестильных имен, а не от прозвищ. Словарь украинских фамилий (например, работы Ю. Редько) подтверждает: основа Никоч- — это вариант имени Николай, адаптированный в южнорусских и украинских говорах.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Черкасской, Полтавской и Киевской губерниям — классическому ареалу фамилий на -енко. В России Никоченко встречается реже, в основном как след переселений XIX–XX веков. Интересно, что в некоторых переписях XIX века фиксировалось написание через «ы» — Ныкоченко, что отражает местное аканье или диалектное произношение.

Социальный контекст фамилии прост: её носители в массе своей были крестьянами или казаками, а сама фамилия не указывала на знатное происхождение. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые в России чаще получали крепостные от помещиков, украинские -енко сохраняли связь с личным именем отца и были распространены среди свободного сельского населения. Никаких документальных подтверждений дворянского корня у этой фамилии нет — это чисто народная, патронимическая модель, типичная для украинской антропонимии.