Фамилия Никсарова звучит необычно для русского уха, и это не случайно: её корни, скорее всего, лежат за пределами славянского мира. Основа фамилии — «Никсар» — не имеет прямого значения в русском языке, что указывает на заимствованное происхождение. Наиболее вероятная версия связывает её с тюркскими языками, где «ник» или «нык» может означать «потомок», «род», а «сар» — «жёлтый», «светлый» или «белый». В таком случае прозвище Никсар могло относиться к человеку со светлыми волосами или кожей, либо указывать на принадлежность к определённому роду. Альтернативная, менее убедительная гипотеза выводит фамилию от греческого имени Никса (Ника) с добавлением суффикса -ар, но в русской ономастике такая модель редка.

Фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «сын Никсара» или «из семьи Никсаровых». Суффикс -а в окончании (Никсарова) — женская форма, но сама фамилия склоняется по мужскому роду как Никсаров. Географически фамилия встречается редко, в основном в южных регионах России, в Поволжье и на Северном Кавказе, что подтверждает её тюркскую основу — именно в этих зонах исторически активно смешивались славянское и тюркское население.

Сословная принадлежность ранних носителей неясна из-за малочисленности фамилии. Однако по модели образования и региону бытования можно предположить, что предки Никсаровых были крестьянами или казаками, получившими фамилию по прозвищу отца. В отличие от распространённых фамилий на -ов, эта не связана с профессией или именем из святцев, что делает её ценной для генеалогического поиска: она указывает на конкретную этническую или языковую группу предков. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не фиксируется, что говорит о её локальном и редком характере.