Фамилия Никсдорф — редкий для России случай фамилии немецкого происхождения, которая не была русифицирована и сохранила исходное написание. В отличие от подавляющего большинства немецких фамилий, оканчивающихся на -ов, -ев или -ин (Шмидтов, Мюллеров), Никсдорф стоит особняком: её не адаптировали под русские суффиксы, а оставили в форме, близкой к оригинальной.

Разбираем по частям. Основа — два корня: «Никс» и «дорф». Второй элемент очевиден: «Dorf» по-немецки значит «деревня». Первый — спорный. Самая вероятная версия: «Никс» — это искажённое «Ник» (Nick), сокращение от имени Николаус (Николай). В этом случае фамилия образована по топонимической модели: Никсдорф — «деревня Ника» или «деревня Николая». Такие названия давали поселениям, основанным одним человеком, или хуторам, названным по имени хозяина. Менее правдоподобно, но возможно, что «Никс» восходит к древневерхненемецкому «nichus» — «водяной дух», но для фамилии это слишком экзотично.

Географически фамилия привязана к историческим немецким колониям в России. Носители Никсдорф — это, скорее всего, потомки колонистов, приглашённых Екатериной II в Поволжье или на юг Украины во второй половине XVIII века. Они основывали свои деревни и давали им привычные немецкие названия. Со временем название деревни перешло в фамилию её жителей — типичный приём для немецкой ономастики. Встречается фамилия и в современной Германии, но для русского уха она звучит как явный маркер «русских немцев» — тех, кто веками жил в России, но сохранил язык и фамилию.

Суффикса как такового в фамилии нет: она образована чистым сложением основ без добавления русских окончаний. Это делает её «немой» для русского словообразования — не склоняется по падежам как типичная русская фамилия (Никсдорф, Никсдорфу, Никсдорфом), а стоит в неизменной форме. Такая особенность встречается у фамилий поздних переселенцев или у тех, кто не ассимилировался полностью в языковом плане.