Фамилия Нилошама — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не профессия, а целая фраза, переосмысленная в личное имя. Если разобрать её по составу, то первая часть «Нило-» восходит к каноническому мужскому имени Нил (в святцах — Нил Постник, преподобный IV века). Вторая часть «-шама» — это искажённое или сокращённое «Шама», которое в свою очередь происходит от арамейского имени Шимон (русский аналог — Семён). Получается, что Нилошама — это типичная для русского Севера и старообрядческой среды составная форма, где два имени слились в одно: Нил и Шама (Семён). Такие двойные имена давали в знак почитания двух святых или по обету.

Фамилия образована не от прозвища, а от полной формы личного имени — Нилошама. Это нехарактерно для крестьянской среды, где обычно использовали уменьшительные формы. Суффикс отсутствует: фамилия просто застыла в виде именительного падежа. Такая модель (имя без суффикса) встречается у украинских и белорусских фамилий, но у русских она исключительно редка и указывает на возможное неправославное или позднее происхождение. Скорее всего, предок носителя фамилии был не крепостным, а человеком духовного звания или выходцем из среды, где грамотность и именование по полному имени были нормой.

География фамилии почти не изучена, но по косвенным данным (единичные записи в метрических книгах XIX века) она встречалась в северных губерниях — Вологодской и Архангельской. Это совпадает с ареалом бытования двойных имён у поморов и староверов. В этих краях имя Нилошама могло быть дано в честь местночтимого святого или как редкий вариант «Нила Семёновича», где отчество перешло в часть имени.

Есть и альтернативная, но менее вероятная версия: Нилошама — это тюркское или финно-угорское прозвище, переделанное на русский лад. Однако ни в одном из известных ономастиконов (словари Б. Унбегауна, В. Никонова) такой корень не зафиксирован. Версия с двойным именем подтверждается и тем, что в русской традиции известны другие сложные антропонимы вроде «Радион-Иван» или «Михаил-Гаврила», которые позже становились фамилиями.

Таким образом, Нилошама — это фамилия-памятник редкой именной традиции, где два христианских имени слились в одно. Носитель такой фамилии с большой вероятностью происходит из среды севернорусских крестьян или духовенства, а его предок носил составное имя, данное по особому обету или в честь двух святых.