Фамилия Нилушкова — редкий случай, когда основа почти наверняка связана не с именем, а с прозвищем, и это делает её интересной для разбора. Вопреки интуитивному желанию вывести корень из мужского имени Нил (в честь святого Нила Постника или Нила Столобенского), здесь работает другая модель. Суффикс -ушк- в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает не на уменьшительно-ласкательную форму, а на прозвище, образованное от глагола или существительного с характерным окончанием. В данном случае основа «нил-» может восходить к диалектному слову «нила» — так в некоторых говорах называли неряху, грязнулю или неопрятного человека. Тогда Нилушка — это не «маленький Нил», а «тот, кого прозвали за неряшливость». Суффикс -к- добавляет пренебрежительный оттенок, а -ова — стандартное окончание, указывающее на принадлежность: «дочь или жена Нилушки».

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где слово «нила» бытовало в крестьянской среде. Встречается она крайне редко — в основном в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. Это подтверждает версию о бытовом, а не церковном происхождении: при крещении в честь святого Нила фамилия звучала бы как Нилов или Нильский, а Нилушков — это народное переосмысление.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с глаголом «нилить» (тянуть, мешкать, делать медленно). В этом случае Нилушка — прозвище медлительного человека. Однако в говорах этот глагол фиксируется реже, чем существительное «нила», поэтому первая гипотеза правдоподобнее.

Социальный контекст прост: фамилия явно крестьянская, недворянская. Никаких громких исторических носителей нет — она осталась в документах сельских переписей и метрических книг. Для потомков Нилушковых это прямая подсказка: их предок, скорее всего, получил прозвище за бытовую черту характера или внешности, и это прозвище закрепилось в роду без связи с церковным именем.