Фамилия Ниног — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет ни типичного русского суффикса -ов/-ев, ни -ин, ни -ский, что сразу наводит на мысль: либо это поздняя канцелярская запись, сильно исказившая звучание, либо фамилия нерусского корня, адаптированная под русскую графику.

Если исходить из того, что перед нами русифицированная форма, то наиболее вероятна связь с немецкой или еврейской фамилией. В немецком языке есть фамилия Nienow (Нинов), которая происходит от названия местности — Нинов (Nienow) в Померании или от нижненемецкого nien (новый) и owe (луг, вода). Переселенцы из Германии, попав в Российскую империю, часто получали на слух запись «Ниног» из-за оглушения конечного «в» в некоторых говорах или ошибки писаря. В этом случае предки носителя фамилии могли быть колонистами, приглашёнными Екатериной II, или ремесленниками из Пруссии.

Вторая версия — искусственное происхождение. В семинарской среде фамилии нередко давали от латинских или греческих слов. Nino в латыни означает «купаю, омываю», а греческое νίνογ (ninog) — несуществующая форма, но можно допустить игру слов или переделку библейского имени Нино (Ниневия). Однако эта гипотеза слабая, так как фамилия не встречается в типовых списках духовных фамилий.

Третий, самый простой вариант — фамилия образована от прозвища Ниног. В русских говорах слово «ниног» не зафиксировано, но возможно, это искажённое «неног» (не нога, хромой) или «ни ноги» (бедный, безземельный). Такое прозвище могло закрепиться за крестьянином, у которого не было скота или земли, — в писцовых книгах XVII века встречаются похожие уничижительные прозвища (Нога, Ножка, Безног).

География фамилии Ниног сегодня крайне узкая: единичные носители живут в центральной России и на Украине. В дореволюционных метриках фамилия почти не встречается, что говорит о её позднем оформлении или малой численности рода. Сословно предки скорее всего были государственными крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией не известно.

Поскольку однозначного корня нет, каждый носитель фамилии Ниног может считать себя потомком либо немецкого колониста, либо крестьянина с необычным прозвищем. Точный ответ дала бы только генеалогическая экспертиза по конкретной линии.