Фамилия Нинуху — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть не на русские суффиксы (вроде -ов или -ин), а на само звучание. В ней нет типичных славянских окончаний, что сразу указывает: корни фамилии, скорее всего, не русские.

Наиболее правдоподобная версия связывает Нинуху с грузинским языком. В Грузии распространены фамилии, оканчивающиеся на -уа, -иа, -дзе, -швили. Форма Нинуху легко вписывается в этот ряд. Основа могла произойти от уменьшительного имени Нина (в грузинском варианте — Нинука или Нинуша) или от корня, связанного со словом «нину» (в некоторых диалектах — «нежный», «маленький»). Суффикс -(у)ху в грузинской ономастике встречается редко, но не является исключением: он мог закрепиться за выходцами из определённого села или рода. Таким образом, предок носителя фамилии Нинуху мог быть грузином, которого в быту звали Нинухой — ласково или по имени отца.

Есть и другая, более спорная гипотеза — адыгское происхождение. В адыгейском и кабардино-черкесском языках встречаются фамилии на -у (Хаку, Нагу), и основа «нин» могла быть искажённым личным именем. Однако эта версия слабее: для адыгских фамилий характерны другие модели образования, и Нинуху в этом контексте стоит особняком.

Встретить Нинуху в современных российских архивах можно лишь эпизодически — чаще всего в документах, связанных с Краснодарским краем или Абхазией, где исторически были сильны грузинские диаспоры. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких родственных семей, сохранивших исходную форму без изменений. Сословная принадлежность в данном случае неясна: это мог быть и крестьянин из горного села, и представитель мелкого дворянства, но точных данных нет.

Главная отличительная черта фамилии Нинуху — её редкость и устойчивость к русификации. Она не превратилась в Нинухов или Нинухин, а осталась в исходном виде, что говорит о сильной культурной или географической изоляции рода. Для этимолога это ценный пример фамилии, которая сохранила свою «инородную» огласовку и не вписалась в стандартные славянские модели.