Фамилия Нипунова — женская форма фамилии Нипунов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В русских фамилиях на -ов/-ев основа обычно связана с прозвищем или мирским именем, но корень «нипун» в литературном языке отсутствует. Самая вероятная версия — диалектное или искажённое слово «непун» (вариант «напун»), которое в некоторых говорах означало «непутёвый», «нескладный» или «неповоротливый человек». Такое прозвище могли дать медлительному, неуклюжему или просто невезучему крестьянину. Фамилия образована по стандартной модели: прозвище Нипун → Нипунов (чей сын?) → Нипунова.

Менее распространённое, но возможное объяснение — связь с гидронимом или топонимом. В бассейне Северной Двины и в Вологодской области встречаются речки и ручьи с названием Нипуй, Нипунья. Житель окрестностей такого водоёма мог получить прозвище Нипун («с речки Нипуй»), которое затем закрепилось как фамилия. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия Нипуновы (и Нипунова) исторически фиксируется именно в северных регионах России — в Архангельской и Вологодской губерниях, где топонимика с корнем «нип-» не редкость.

Третья гипотеза, скорее экзотическая, — заимствование из финно-угорских языков. В коми и удмуртском есть слово «нип» (девушка, дочь), но суффикс -ун для образования прозвищ в этих языках нетипичен. Если предположить, что прозвище Нипун означало «бабник» или «тот, кто ухаживает за девушками», то это могло возникнуть на русско-финском пограничье. Однако прямых доказательств этой версии нет, и она уступает первой по правдоподобию.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Нипуновы — потомки человека по прозвищу Нипун. Фамилия редкая, недворянская, скорее всего крестьянского или мещанского происхождения. В дореволюционных переписях носители встречаются в основном на Русском Севере, что подтверждает версию о диалектном или топонимическом корне. Современная география фамилии размыта, но её концентрация по-прежнему выше в Вологодской и Архангельской областях.