Фамилия Нищей — редкая и неочевидная. На первый взгляд она кажется формой прилагательного в предложном падеже («о нищей»), но на самом деле это русская фамилия, образованная по модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ей. В этом её главная особенность: суффикс -ей в фамилиях встречается редко, обычно он характерен для прозвищ, которые застыли в форме родительного или дательного падежа множественного числа (например, фамилии Косых, Босых, Хитрой). Однако Нищей — не множественное число, а скорее усечённая форма от «Нищев» или прямой отыменной вариант, где основа «нищ-» перешла в разряд фамилий через старую русскую модель «чей?» — «Нищей», то есть «сын Нищего».

Основа фамилии — слово «нищий». В Древней Руси «нищим» называли не только бедняка, но и человека, просящего подаяние, а также странника или юродивого. Однако прозвище Нищей могло закрепиться за человеком вовсе не из-за бедности. В крестьянской среде прозвища часто давали «от противного»: богатого мужика могли дразнить Нищим, чтобы сглазить или насмешить. Другая версия — прозвище мог получить человек, который вёл аскетичный образ жизни, отказывался от имущества, или же тот, кто занимался сбором милостыни для церкви. В некоторых говорах «нищей» означало также «калека», «убогий», но опять же не обязательно в прямом смысле — так могли назвать и просто невезучего человека.

Фамилия Нищей — явно недворянская и не священническая. Она бытовала в среде крестьян и мещан, преимущественно на севере и северо-востоке России, где сохранялись архаичные падежные формы фамилий. Встречается она и сейчас, но крайне редко, в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. В дореволюционных переписях её могли записать как «Нищев» или «Нищин», но форма с окончанием -ей устоялась именно в устной традиции.

Сравните с однокоренными фамилиями: Нищев (более распространённая, с суффиксом -ев), Нищенко (украинская или южнорусская), Нищёнкин (с двойным суффиксом). Нищей стоит особняком — она как бы застыла в том виде, в каком её произносили в быту: «чей ты будешь?» — «Нищей». Это не ошибка писаря, а живая народная модель словообразования, которая почти исчезла к XX веку.