Фамилия Нишликова — женская форма от Нишликов, и её происхождение, скорее всего, связано с тюркским или кавказским корнем, а не с исконно славянским словом. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий (чей? — сын Нишлика), но сама основа «Нишл-» в русском языке не встречается в качестве нарицательного слова.

Чтобы понять корень, стоит обратить внимание на тюркские языки. В них «ниш» означает «знак», «метка», «клеймо», а также может относиться к прицелу (в военном деле) или мишени. Суффикс -лы/-ли в тюркских языках образует прилагательные со значением «имеющий что-то» или «снабжённый чем-то». Таким образом, «нишли» могло означать «имеющий метку», «меченый» или «отмеченный знаком». Вполне вероятно, что прозвище Нишлик дали человеку с особой приметой — родимым пятном, шрамом или татуировкой.

Возможна и другая версия, менее вероятная, но не исключённая: связь с топонимом. В России есть несколько мелких географических объектов с похожим звучанием, например, речка Нишла в Башкортостане. В таком случае фамилия могла образоваться от названия места жительства — «выходец с Нишлы», что дало бы прозвище Нишляк или Нишлик, а затем фамилию.

С точки зрения словообразования интересен сам формант -ик. В русских фамилиях он редко встречается напрямую (чаще -ник, -чик). Здесь он мог прийти из тюркского языка, где -ик — уменьшительный или ласкательный суффикс. То есть Нишлик — это уменьшительное от прозвища Нишли: «маленький меченый» или «сын меченого».

Сословная принадлежность носителей фамилии точно не определена. Нишликовы могли быть как крестьянами или казаками, так и служилыми людьми из татарских или башкирских родов, перешедшими на русскую службу. Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где веками соседствовали русские, татары и башкиры, что делает тюркскую версию наиболее правдоподобной.