Фамилия Нишмонина — женская форма, а мужская, Нишмонин, встречается значительно реже. Её основа — прозвище или неканоническое имя Нишмона, которое, скорее всего, имеет финно-угорское или тюркское происхождение. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Нишмонин буквально означает «сын (или потомок) Нишмоны».

Самая вероятная версия связывает корень с коми-пермяцким или удмуртским словом «ниш» — «гнилой», «плохой», «негодный». В диалектах коми «нишмöс» означает «хилый», «слабосильный». Прозвище Нишмона могли дать болезненному, слабому ребенку — не столько в обиду, сколько как оберег, чтобы злые духи не позарились на «плохого» младенца. Такая практика имянаречения была распространена у многих народов Приуралья.

Менее убедительная, но возможная версия — от тюркского «нишан» (знак, метка, цель) через форму «нишман». Однако в этом случае фамилия скорее звучала бы как Нишманов или Нишанов. Форма с -он- в корне (Нишмона) характерна именно для пермских говоров, где часты уменьшительные имена на -она: Васькона, Микона, Петрона.

Географически фамилия Нишмонина привязана к северо-востоку европейской части России: Кировская область, Пермский край, Удмуртия. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальное, диалектное происхождение. Носители фамилии, скорее всего, потомки крестьян-коми или обрусевших коми-пермяков, переселившихся в русские деревни в XVIII–XIX веках. В дореволюционных метрических книгах по Вятской губернии можно найти отдельные записи о Нишмониных, но массового распространения фамилия не получила.