Фамилия Нишулин — редкий случай, когда основа слова почти полностью утратила связь с исходным значением, а суффикс подсказывает, как фамилию могли «переделать» на русский лад.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Нишулин, то есть сын или потомок Нишулы. Но что такое «Нишула»? Это неканоническое имя или прозвище, которое могло возникнуть из двух источников. Первый — диалектное слово «ниш» или «нищий» в южнорусских говорах. Прозвище Нишула могли дать бедному, неимущему человеку, либо, наоборот, тому, кто прикидывался нищим. Второй вариант — искажённое тюркское имя Нишан или Нишанбай (от персидского «нишан» — знак, метка, цель). В русской среде такое имя могли переделать в уменьшительно-бытовую форму Нишула, а потом закрепить за потомками.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону и югу России — местам, где смешивались русское и тюркское население. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, один или несколько родов дали начало всем нынешним Нишулиным. В дореволюционных переписях фамилия фиксируется в Симбирской и Самарской губерниях.

Стоит отметить, что написание через «и» (Нишулин) устойчиво, хотя по правилам русской орфографии после шипящих под ударением пишется «ы» (Нишулын, как «ершом» — «ершовый»). Но фамилия закрепилась в книжной форме, где «и» сохранялось как дань церковнославянской традиции. Это ещё один штрих: носители фамилии, вероятно, были грамотными людьми, возможно, из приказных или духовного сословия, которые записывали фамилию «по-писаному», а не на слух.

Таким образом, Нишулин — фамилия, которая могла родиться и из бедности, и из восточного имени, но в любом случае прошла через русскую уменьшительную форму и закрепилась в узком кругу семей.