Фамилия Нисиводня — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не изменилось за столетия. Она звучит так же, как звучала бы в живой речи: «не сиди водня». Это указание на образ действия, на привычку, которая бросалась в глаза окружающим. «Водня» — диалектная или просторечная форма от «водный», «водяной»; в разных говорах так могли называть и воду, и болотистую местность, и человека, который постоянно возится с водой. Соответственно, Нисиводня — тот, кто не сидит (не засиживается) у воды, кто постоянно в движении, на воде, или же, наоборот, тот, кого прозвали за неусидчивость, за то, что он не может спокойно посидеть «водня» (то есть возле воды или в сыром месте).

Модель образования для русских фамилий нехарактерна. Обычно прозвища-предложения (вроде Несмеяна, Подайпиво) застывали в форме мужского рода на -а или -о, а затем получали суффикс -ов/-ин. Здесь же перед нами архаичная беспадежная форма — прозвище сразу стало фамилией без дополнительных суффиксов. Это указывает на то, что фамилия могла сформироваться на юго-западе России, в Белоруссии или на Украине, где подобные «застывшие» прозвища встречаются чаще. В украинской ономастике есть параллели: прозвища вроде Непийвода — «не пей воду» или Несидидома — «не сиди дома». Нисиводня стоит в том же ряду.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — искажение другого прозвища или фамилии под влиянием народной этимологии. Например, если исходной была фамилия Несиводня (с ударением на второй слог), где «водня» — не вода, а диалектное «водный» в значении «водянистый», «вялый». Тогда прозвище могло означать «не сиди вялым», то есть «не ленись». Однако первое объяснение — про воду и движение — поддерживается самой формой слова: «водня» как существительное встречается в говорах Псковской и Смоленской областей именно в значении «вода» или «топкое место».

Географически фамилия редкая, встречается точечно. По данным открытых источников, основное ядро носителей — в Белоруссии (Гомельская, Могилёвская области) и на приграничных территориях России (Брянская, Смоленская области). Это подтверждает версию о западнорусском или белорусском происхождении. Сословного барьера у фамилии не было: прозвище давали в крестьянской и казачьей среде, где меткое слово ценилось выше формального имени.

Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — это «тихая» фамилия, которая сохранилась именно благодаря своей редкости и точности. Она не переделывалась под книжные стандарты, не получала суффиксов, осталась такой, какой её услышали и записали.